Попробуйте
list1 = {{{3,3,3,3},{1,1,1,1},{2,2,2,2}},{{3,3,3,3},{1,1,1,1},{2,2,2,2}}};
f[v_]:=Table[v,{Count[Flatten[list1],v]}]
Map[f,DeleteDuplicates[Flatten[list1]]]
, который мгновенно возвращает
{{3,3,3,3,3,3,3,3},{1,1,1,1,1,1,1,1},{2,2,2,2,2,2,2,2}}
РЕДАКТИРОВАТЬ
Есть ли шанс, что это то, что вы искали?
list1 = {{{1,2,3,4},{5,6,7,8},{9,10,11,12}},
{{13,14,15,16},{17,18,19,20},{21,22,23,24}}};
MapThread[Join,list1]
, который возвращает
{{1,2,3,4,13,14,15,16},{5,6,7,8,17,18,19,20},{9,10,11,12,21,22,23,24}}
Просто угадал