Неинтуитивная команда для удаления типа ветви:
ct rmtype -rmall brtype:my_branch_type
См. Подробную документацию об этом на веб-сайте IBM.
Примечание: -rmall
часто (всегда?) необходимо, даже если у вас нет объектов с ревизиями этого типа ветви. (По крайней мере, с ClearCase v8.0.0.x.)