Я использую Eldos Callback File System для этой цели, но, хотя это хорошо, это не совсем дешево.
Есть также несколько бесплатных / дешевых проектов, и я уверен, что один из них был упомянут в аналогичном вопросе о SO в последнее время - хотя в данный момент его найти больше не могу. Стабильность, как правило, является серьезной проблемой, поскольку многоуровневые драйверы файловой системы Windows не тривиальны.