Я не уверен, каков масштаб вашего приложения и для чего вы хотите использовать Docker? То, что ваше приложение выполняется в Docker, не означает, что вы должны запускать свои тесты также в Docker.
Это несколько вариантов, которые вы можете проверить, от минимальных усилий до максимальных усилий.
Локально запускайте свои тесты
$ python -m unittest tests/*
Используйте Python виртуальное окружение
Если вы думаете о том, чтобы не портить локальные зависимости и просто использовать их Docker, вы можете просто использовать venv и запускать там свои тесты.
$ python3 -m venv venv
$ . venv/bin/activate
$ python3 -m unittest tests/*
Тогда вы можете просто удалить каталог или виртуальную среду
Использовать Jenkins или аналогичные инструменты
Это идеальное решение, если вы пишете серьезный проект. Jenkins (или аналогичные инструменты) поддерживает докернизированный запуск заданий. Jenkins будет создавать контейнер docker каждый раз, когда вы захотите запустить задание. Вы просто указываете, какую команду вы хотели бы дать, это может быть просто, как в первом варианте. Вот ссылка для Jenkins с Docker поддержкой .