Похоже, вы забыли удалить элемент из списка.
def delete_command():
backend.remove(selected[0])
lb.delete(index)
def get_item(event):
global selected,index
index=lb.curselection()
selected= lb.get(index)
return selected
lb= Listbox(window)
lb.grid(row=4, column=0, rowspan= 5, columnspan=1)
lb.bind("<<ListboxSelect>>", get_item)
b2 = Button(window, text="Delete", command=delete_command)
b2.grid(row=5, column=2)
Мне также очень жаль говорить, что качество вашего кода довольно низкое. Не определяйте глобальные переменные, если это не действительно необходимо.