Если вы выполняете в консоли браузера:
const test = new Mongo.Collection(null);
test.insert({foo: undefined});
test.insert({foo:'foo'});
test.insert({foo:null});
test.find({}, { sort: { foo: 1 } }).map(i => i.foo);
Он правильно печатает: [undefined, null, 'foo']
. Поэтому, пожалуйста, предоставьте репродукцию.