Вам нужно создать и добавить li внутри l oop - в противном случае вы создаете только один li intead из одного на сообщение. и потому что для l oop индексировано 0 - вам нужно ограничить l oop, чтобы быть меньше, чем длина. Это потому, что длина всегда будет на 1 больше, чем индекс итерации.
Также вы должны иметь возможность очистить html контейнера, используя также jQuery - $ (". Messages_container" ) [0]. html ('').
setInterval(function(){
$.get("/get_room?room=" + roomCode).then((res) => {
$(".messages_container")[0].innerHTML = "";
for(let i=0; i< res.room.msgs.length; i++){ // note the removal of "="
var li = document.createElement("li"); // moved the li creation to here
li.innerHTML = res.room.msgs[i];
$(".messages_container")[0].appendChild(li)
}
});
}, 2000);