Вам необходимо изменить файл, размещенный на веб-сайте (при условии, что исходная онтология хранится в виде простого файла).
Что важно, так это то, что у вас есть доступ для записи в это местоположение. Если это так, все, что вам нужно сделать, это записать новый файл в правильном месте.
Если онтология не является простым файлом, вам необходимо предоставить более подробную информацию. Обновление будет зависеть от того, как будет обслуживаться исходная онтология.
Версия IRI может быть любой, какой вы пожелаете; IRI онтологии может быть (например) URL-адресом хранилища GitHub и именем файла и соответствовать существующему файлу GitHub, но это не обязательно. Они не используются, чтобы решить, где проложить онтологию. Если вы попытаетесь сохранить онтологию, загруженную из URL-адреса, URL-адрес, используемый для загрузки онтологии, будет URL-адресом документа и будет использоваться для попытки сохранить изменения, но он не должен соответствовать IRI онтологии.