Спасибо за помощь. Я не мог найти способ изменить содержимое файла в javascript, поэтому я использовал PHP. Я пытался просто удалить первый узел в моем xml activity1.xml . Вот код:
$xdoc = new DomDocument;
$xdoc->Load('images\activity\activity1.xml');
$xdoc->documentElement->removeChild($xdoc->documentElement->childNodes->item(1));
$xdoc->save('images\activity\activity1.xml');
Он просто удаляет первый узел, какие бы у него ни были дочерние элементы;)