Вы не много говорили об архитектуре приложения, но, поскольку в нем участвует установщик, я предполагаю, что это клиент-серверное приложение.
Если у вас есть установщик сервера, вы должны его туда поместить, поскольку структура базы данных изменится только один раз. Поскольку установщикам клиента потребуется знать об этом изменении, было бы неплохо иметь способ обнаружить изменение версии базы данных и дать возможность старому клиенту автоматически загрузить обновление клиента с сервера и применить его.
Если у вас есть только установщик клиента, я все же думаю, что лучше поместить его туда (возможно, как пользовательское действие, запускающее исполняемый файл для обновления базы данных). Но это действительно не имеет значения, потому что концептуально одному установщику или новому пользователю новой версии все равно придется отменить изменения в базе данных. Изменения в базе данных приведут к структурным блокировкам базы данных, поэтому с практической точки зрения каждый будет вынужден быть исключен из системы в то время, чтобы применить обновление базы данных.
Конечно, это все BS, если это не клиент-сервер.