Вы можете проверить, не является ли ввод пустой строкой, сохранить значение в переменной и использовать его для фильтрации элементов:
var show = (value !== '') ? ($(this).text().toLowerCase().indexOf(value) === -1) : true;
$(this).toggle(show);
Как сказал Карма, это исключит элементы, содержащие входная строка, но не будет скрывать все элементы, когда ввод пуст.
Надеюсь, вы нашли это полезным.