Согласно документации :
Если у вас есть только один класс с нативными методами, имеет смысл, чтобы вызов System.loadLibrary находился в состоянии c инициализатор для этого класса. В противном случае вам может потребоваться выполнить вызов из приложения, чтобы вы знали, что библиотека всегда загружается и всегда загружается раньше.
Таким образом, есть два способа загрузить вашу библиотеку, и нет необходимости загружать ее внутри я бы предпочел первый вариант, потому что он более чистый и компактный.
Что касается влияния жизненного цикла действия на вашу нативную библиотеку - если вы не вызываете некоторые библиотечные методы внутри жизненного цикла вашего действия или фрагмента методы, так что ваша библиотека будет работать как обычно, пока ваше приложение не будет завершено.