Nerdtree не знает, что у вас открыто на главной панели. Vim не знает, что Nerdtree делает со своей боковой панелью.
Если вас беспокоит только описанная ситуация, когда вы хотите открыть vim в текущем каталоге, vim
(просто команда без аргументов ) откроет экран приветствия, и Nerdtree с вашими автокомандами откроется в боковой панели в зависимости от текущего каталога.
Если вас беспокоит указание vim на каталог, отличный от cwd, вы можете отключить Автокоманды плагина Nerdtree, чтобы он не открывался автоматически, или переписать автокоманду, чтобы вызвать, если вы сказали vim открыть файл, это файл. Как-то так?
augroup NerdTree
autocmd!
autocmd VimEnter * | if isdirectory(expand("<afile>")) | :NERDTreeToggle | endif
augroup END
Хотя я не могу заставить его работать правильно. Может быть, кто-то еще может разыграть то, что у меня есть.