Вы можете изменить выражение XPath, чтобы использовать ось following-sibling
и сказать, выбрать первый узел после комментария ...
$comments = $xpath->query('//comment()/following-sibling::*[1]');
Если вам нужен комментарий и следующий узел, вы можете сначала получите комментарий, а затем используйте XPath относительно этого комментария, чтобы получить следующий узел ...
$comments = $xpath->query('//comment()');
foreach ($comments as $comment)
{
echo $comment->nodeValue.PHP_EOL;
$next = $xpath->query("following-sibling::*[1]", $comment)[0];
echo $next->nodeValue.PHP_EOL;
}