Попробуйте преобразовать массив из R в python. Затем сохраните его, используя numpy (вызывается изнутри R).
## inside R
library(reticulate)
x = array(runif(27),dim=c(3,3,3))
# import numpy
np = import("numpy")
np$save("test.npy",r_to_py(x))
Теперь мы загружаем его с python:
import numpy as np
np.load("test.npy")
array([[[0.53035511, 0.09324333, 0.74165792],
[0.32596559, 0.84278233, 0.63397294],
[0.71819993, 0.69992033, 0.23523802]],
[[0.4240157 , 0.92849409, 0.23161098],
[0.82145088, 0.789411 , 0.18161145],
[0.87357443, 0.29713062, 0.35034028]],
[[0.17399566, 0.81314384, 0.92519895],
[0.72759271, 0.62621744, 0.02139281],
[0.39817859, 0.62391164, 0.66426406]]])