Вероятно, вы столкнулись с повреждением данных.
Попробуйте
REINDEX INDEX mytable_pkey;
или как там будет уникальный индекс. Это, вероятно, приведет к аналогичному сообщению об ошибке.
Вы можете найти записи с дубликатами с:
SET enable_indexscan = off;
SET enable_bitmapscan = off;
SELECT id, count(*)
FROM mytable
GROUP BY id HAVING count(*) > 1;
После удаления этих дубликатов ваша операция должна завершиться успешно.
Как всегда с повреждением данных:
экспортируйте весь кластер и импортируйте его в новый кластер, чтобы избавиться от любого повреждения.
проверьте ваше оборудование