Я не часто использую Windows, но я просто попытался нажать на ярлык R gui, пока другая копия выполняла ваш загрузочный код, и он открыл новую копию GUI, которая, похоже, работала.
Вы хотели бы быть немного осторожнее при этом: изменение установленных пакетов может вызвать проблемы, и если вы сохраните свое рабочее пространство в конце сеанса (что плохо идея), вторая, которую вы сохраните, скорее всего, сотрет первую.
Но ответ, похоже, "да, просто откройте другую копию".
Кстати, переключение на RStudio Вероятно, это хорошая идея: он намного лучше GUI, чем тот, который поставляется с R. У него есть пункт меню, чтобы открыть новую копию, вам не нужно go искать ярлык.