Как рассчитать ограниченное среднее время выживания ковариат в R? - PullRequest
Новая
       11

Как рассчитать ограниченное среднее время выживания ковариат в R?

0 голосов
/ 26 февраля 2020

Я пытаюсь вычислить ограниченное среднее время выживания, сгруппированное по ковариатам, но получаю ошибку. Не могли бы вы взглянуть на приведенный ниже пример кода и сообщить мне, в чем проблема? 

library(survival)
library(flexsurv)

data <- survival::lung
formula <- Surv(data$time, data$status) ~data$sex
fsmodel_exponential<-flexsurvreg(formula,dist = "exp")

#Produces the expected results
rate_exponential<-fsmodel_exponential$res[1]
rmst_exp <- rmst_exp(t = 30, rate = rate_exponential, start = 0)
rmst_exp

#Gives error for the covariate
rate_exponential_sex<- fsmodel_exponential$res[2]
rmst_exp2 <- rmst_exp(t = 30, rate = rate_exponential_sex, start = 0)
rmst_exp2

1 Ответ

1 голос
/ 26 февраля 2020

Ваш fsmodel_exponential$res[2] отрицателен, что вызывает ошибку. В экспоненциальной модели ковариаты по этим параметрам представляют собой модель ускоренного времени отказа (AFT). Вы получаете их, когда инвертируете уровни факторов sex, что приводит к положительным оценкам максимальной вероятности. 

library(survival)
library(flexsurv)
data <- lung
data$sex <- relevel(factor(data$sex, labels = c("M", "F")), "F")
formula <- with(data, Surv(time, status) ~ sex)
fsmodel_exponential <- flexsurvreg(formula, dist = "exp")
rmst_exp(t = 30, rate = fsmodel_exponential$res[1], start = 0)
#> [1] 29.23162
rmst_exp(t = 30, rate = fsmodel_exponential$res[2], start = 0)
#> [1] 1.998406

plot(fsmodel_exponential, col = c("blue", "red"), 
    lwd.obs = 2, xlab = "months", ylab = "Recurrence-free survival")
legend("topright", levels(data$sex), col=c("red", "blue"), lty=1)

Редактировать: В получить RMST, просто запустите: 

summary(fsmodel_exponential, type = "rmst", t= 30 )
#> sex=M 
#>   time     est      lcl      ucl
#> 1   30 28.7467 28.49528 28.94901
#> 
#> sex=F 
#>   time      est      lcl      ucl
#> 1   30 29.23162 28.98571 29.40346
...