Я попробовал следующее в методе SelectedIndexChanged:
if(ddl.SelectedValue == "option"){
myFunc();
}
if(ddl.SelectedValue == "option"){
Page.ClientScript.RegisterStartupScript(this.GetType(),"CallMyFunction","myFunc()",true);
}
Второй метод дал мне функцию неопределенной ошибки