Не думаю, что вы можете исключить определенные типы файлов, используя только Фильтр .
Я бы посоветовал вам добавить тест в начале каждого из ваших обработчиков, чтобы пропустить обработку файлов, которые вы не хотите обрабатывать.
FileSystemWatcher отслеживает изменения всех файлов и папок в папке, включая файлы и папки в подкаталогах. Например, если вы хотите игнорировать изменения в ваших файлах журналов, может быть лучше переместить каталог журналов в папку, которая не находится в пути, который вы просматриваете.