Файлы, которые отслеживаются Git, не удаляются автоматически, если вы добавляете их в файл .gitignore. Git никогда не игнорирует файлы, которые уже отслеживаются, поэтому изменения в файле .gitignore влияют только на новые файлы. Если вы хотите игнорировать уже отслеженные файлы, вам нужно явно удалить их.
git rm --cached doNotTrackFile.txt