Если это исполняемый файл .NET, попробуйте использовать ILDASM.exe или, что еще лучше, используйте Reflector , чтобы узнать, имеет ли он общедоступный API. Затем вы сможете добавить его в качестве ссылки (все, что вам нужно сделать, это просто переименовать .exe в .dll) в свой проект или, в качестве альтернативы, загрузить его как сборку и использовать отражение для использования его API.
Очевидно, что первый вариант гораздо предпочтительнее.
Если это не исполняемый файл .NET, вы можете использовать очистку, но сначала вам придется профилировать приложение и выяснить, на какие сообщения Windows низкого уровня и элементы управления оно реагирует. Немного кошмара.