Вы должны использовать инфраструктуру Eclipse для редакторов и документов. Я не думаю, что это хорошая идея, чтобы изменить содержимое файлов "за спиной Eclipse".
Я не эксперт в этом, но могу дать вам пример кода, чтобы вы начали:
IWorkbenchWindow window = PlatformUI.getWorkbench().getActiveWorkbenchWindow();
IWorkbenchPage activePage = window.getActivePage(); // null check omitted
IEditorPart editorPart = activePage.getActiveEditor(); // null check omitted
ITextEditor textEditor = (ITextEditor) editorPart; // casting check omitted
IDocument currentDocument = textEditor.getDocumentProvider().getDocument(textEditor.getEditorInput());
Ознакомьтесь с org.eclipse.jface.text.IDocument
API. Позволяет манипулировать текстом в текущем активном исходном файле.