Я строю точки над шейп-файлом, и R продолжает печатать "integer (0)" после завершения команды. На графике все в порядке, что можно увидеть в этом воспроизводимом примере (с резкими цветами, потому что FUN = имел ;-))
### get Germany as shp
Germany.shp<-getData("GADM", country="DEU",level=1,download=T,path=getwd())
par(mfrow=c(1,2))
plot(Germany.shp, col="magenta", main="plots normally")
### make up some spatial points (yes, the proper cities in Germany)
points.df<-data.frame(name=c("Berlin","Frankfurt","Rostock"),
lat=c(52.5243700,50.1155200,54.0887000), long=c(13.4105300,8.6841700,12.1404900))
coordinates(points.df)=~long+lat ### converts df to spatial df
crs(points.df)<-CRS("+init=epsg:4326") ### defines CRS
points.df<-spTransform(points.df,crs(Germany.shp)) ### project to same CRS as Germany.shp
### plot
plot(Germany.shp, col="magenta", sub="is 0 actually in integer? just asking",main="integer 0",)+
points(points.df,col="blue", pch=16,cex=2.2)
### !!! ### CONSOLE shows integer(0), plots perfectly well though ### !!! ###
Сначала я действительно волновался, поскольку в моем фактическом наборе данных я строю 35000 точек. Таким образом, я составил этот пример для перекрестной проверки, и города находятся в нужном месте. Тем не менее, я использую уценку и имею 10-15 графиков, как это, и поэтому приходится вручную удалять вывод консоли "integer (0)" вручную. раздражает ;)