Нет, оно упаковано в IPA вашего приложения и доставлено в Apple в виде одного файла с ним (и всего остального).
Сам IPA - это файл в формате zip - если вы делаете копию одного и переименуйте его в .zip, вы можете разархивировать его и посмотреть, что у него есть.
На верхнем уровне у него есть папка Payload с файлом .app. Этот файл представляет собой пакет (вы можете щелкнуть правой кнопкой мыши и показать содержимое). Там вы найдете папку PlugIns, в которой будут *.appex файлы. Это то, что ваши целевые расширения строят.
Итак, пакеты Payload/NAME.app/PlugIns/*.appex МПА являются расширениями.