выходной файл lapply pdf перезаписывает pdf вместо создания новых

Question

Я был бы рад, если бы кто-то мог помочь мне здесь. Итак, я пытаюсь использовать lapply для функции second.peaks (пакет sangeranalyserR), однако не могу найти способ изменить файл .prefix на что-то, что может меняться в зависимости от файла. Вот что я пытаюсь и терплю неудачу.

lapply(list, secondary.peaks, output.folder = "/secondary_peaks",
   file.prefix = names(list))

Итак, в основном проблема в file.prefix, я хочу, чтобы для каждого файла в списке использовалось имя списка. Проблема в том, что когда я составляю список имен, он просто берет первое имя и повторяет его для каждого файла в списке. Таким образом, вместо 5 файлов с 5 именами я получил 1 файл с первым именем из списка имен.

Answer 1

lapply перебирает только объект, указанный в аргументе X. Чтобы перебрать несколько аргументов, вам нужно использовать mapply. Обратите внимание, что порядок аргументов в mapply немного отличается. Я бы попробовал (не проверено)

mapply(FUN = secondary.peaks, 
       s = list, 
       file.prefix = names(list), 
       MoreArgs = list(output.folder = "/secondary_peaks"))

И если вы хотите быть уверены, что получите список обратно в качестве вывода, вы можете установить SIMPLIFY = TRUE в вызове mapply. Обязательно ознакомьтесь с документацией для mapply.