Вам понадобится Mule Runtime, если вы пытаетесь разрабатывать или выполнять приложения Mule для интеграции или реализации REST API, или аналогичного использования. Также вы можете воспользоваться функциями Anypoint Platform, такими как API Manager.
Mule Runtime выполняет только приложения Mule, поэтому вам нужно каким-то образом упаковать приложение Spring Boot в приложение Mule. У вас должна быть очень четкая причина для этого, иначе добавленная сложность, вероятно, не стоит этого.
Вы можете развернуть среду выполнения Mule внутри контейнера docker, независимо от Spring Boot.