Я бы сказал, что причина в том, что это так, потому что, возможно, есть некоторые библиотеки для других ваших проектов, которые включают sh с flask библиотеками, и именно поэтому у вас есть проблемы. Например, у меня была такая же проблема, когда я не использовал виртуальные среды, когда я изучал Python, и когда у меня было несколько проектов с разными библиотеками python, некоторые из них конфликтовали и вызывали непредвиденные ошибки, поэтому я начал использовать виртуальные среды - разные виртуальные среды для каждого проекта, и это решило все проблемы с конфликтами между различными библиотеками.
Вот хороший официальный учебник о том, как использовать виртуальные среды