Нет большой разницы между тем, что они делают (хранение данных в таблицах). Разница в том, как они обрабатывают данные в малом и большом масштабе.
Cloud Spanner используется, когда вам нужно обрабатывать огромные объемы данных с повышенным уровнем согласованности и большим объемом обработки данных (+100 000 читает / пишет в секунду). Spanner дает гораздо лучшую масштабируемость и лучшие SLO.
С другой стороны, Spanner также намного дороже, чем Cloud SQL.
Если вы просто хотите хранить некоторые данные вашего клиента в дешевый способ, но все же не хочу сталкиваться с конфигурацией сервера. Cloud SQL - правильный выбор.
Если вы планируете создать большой продукт или хотите быть готовыми к огромному увеличению пользователей для вашего приложения (вирусные игры / приложения) Spanner - правильный продукт.
Подробную информацию о Cloud Spanner можно найти в официальном документе