Лично я добавляю цель развертывания в build.xml, которая содержит тег для передачи файла войны.
UPDATE:
Вот пример:
<target name="deploy" depends="dist">
<scp todir="${user.name}@www.myserver.com:tomcat-base/webapps/"
keyfile="${user.home}/.ssh/myserver.key"
passphrase="BlaBlaBla" trust="true">
<fileset dir="dist" includes="myapp.war"/>
</scp>
</target>