То же самое, что вы сделали бы для Oracle или SQL Сервер.
Создайте свою логическую модель - сущности с атрибутами и отношениями.
Перенаправьте инженера в создание реляционной модели. обязательно задайте для ваших свойств модели тип СУБД 'DB2 ... что-то'
Затем при генерации DDL вы должны увидеть поддерживаемую IBM DB2 синтаксис.
Обратите внимание, что возможность сравнивать вашу модель с базой данных И генерировать сценарии ALTER DDL не поддерживается для DB2 или SQL Server - только Oracle. Вы можете делать сравнения, но не получающиеся в результате дельта-DDL.