iPhone SDK пока не поддерживает эту функцию. Это можно сделать только на взломанном устройстве.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Извините, это не ПОЛНОСТЬЮ верно, вы можете сделать это с помощью функции «push», но на этом этапе разрешены только приложения, которые Apple проверяет.
ВНОВЬ РЕДАКТИРОВАТЬ: Нет, я совершенно неправ, попробуйте это
[UIApplication sharedApplication].applicationIconBadgeNumber = 2;