Вычитание фона не будет работать для ваших изображений, потому что ваш фон не соответствует. SNR изображения слишком низкое!
Таким образом, у вас есть 2 варианта:
1) Использование метода глубокого обучения (например, UNET), если у вас достаточно данных
2) Использование затем двусторонний фильтр, некоторые методы, такие как активный контур или GLCM Texture Feature или кластеризация k-средних.