Чтобы немного расширить ответ, у меня работал следующий набор атрибутов:
<iis:Certificate
Id="My.Certificate"
StoreName="root"
Overwrite="yes"
Name="My Friendly Certificate Name"
Request="no"
BinaryKey="MyCertificate.Binary"
StoreLocation="localMachine" />
Где элемент <Product>
содержал дочерний элемент <Binary>
следующим образом:
<Binary
Id="MyCertificate.Binary"
SourceFile="$(var.ProjectDir)MyCertificate.pfx" />
(я включил файл PFX в свой проект WiX).