Это ваша проблема.
Entity account = <reading entity with a call to organizationService>;
Любые атрибуты, полученные в ходе вызова службы org, будут присутствовать в вашем объекте "account" и впоследствии повторно отправляться в CRM в сообщении об обновлении.
Попробуйте что-то вроде этого:
Entity retrieved = <reading entity with a call to organizationService>;
Entity account = new Entity("account", retrieved.Id);
//update fields
account["fieldName1"] = newValue;
account["fieldName2"] = newValue2;
//call to update entity
organizationService.Update(account);
Таким образом, вы гарантированно обновите только те атрибуты, которые вы добавили в объект, в CRM.
Наконец, рекомендуется извлекать только те атрибуты, которые необходимы для выполнения бизнес-логики c при выполнении Retrieve или RetrieveMultiple. Дополнительные атрибуты снизят производительность запроса.