Если вам необходимо запустить пользовательские сценарии или команды перед развертыванием в GAE, то лучшим подходом будет использование настраиваемой среды выполнения.
Вам нужно будет создать Dockerfile с базовым образом PHP, а затем выполните все необходимые шаги там. При таком подходе вы также сможете изменить точку входа по умолчанию для контейнера docker.
Соответствующую документацию можно найти в этой ссылке .
Google. предлагает несколько изображений , включая PHP один.