Да, вы можете заставить MSAL4J использовать прокси.
Самый простой способ - внедрить Http-клиент, который приложение использует, в MSAL. Вы должны настроить параметры прокси-сервера на Http-клиенте, реализовать MSAL IHttpClient, а затем передать реализацию в MSAL при создании экземпляра объекта клиентского приложения. MSAL затем будет использовать этот Http-клиент для всех запросов. Для получения дополнительной информации см. Вики-страницу Настройка Http-клиента