Вы пробовали что-то подобное?
LinkedList<Option> requestOptions = new LinkedList<Option>();
requestOptions.add(new QueryOption("$filter", "startswith(displayName, 'Hello')"));
IGroupCollectionPage groups = graphClient.groups()
.buildRequest(requestOptions)
.get();
Это должно отфильтровать все группы с "displayName", начинающимся с "Hello".