предупреждение: матрица несконденсированного расстояния в python - PullRequest
Новая
       7

предупреждение: матрица несконденсированного расстояния в python

0 голосов
/ 23 марта 2020

Я пытаюсь составить дендрограмму, связанную для агломерационной иерархической кластеризации, и мне нужна матрица расстояний. Я начал с: 

import numpy as np 
import pandas as pd
from scipy import ndimage 
from scipy.cluster import hierarchy 
from scipy.spatial import distance_matrix 
from matplotlib import pyplot as plt 
from sklearn import manifold, datasets 
from sklearn.cluster import AgglomerativeClustering 
from sklearn.datasets.samples_generator import make_blobs 
%matplotlib inline
X1, y1 = make_blobs(n_samples=50, centers=[[4,4], [-2, -1], [1, 1], [10,4]], cluster_std=0.9)
plt.scatter(X1[:, 0], X1[:, 1], marker='o') 
agglom = AgglomerativeClustering(n_clusters = 4, linkage = 'average')
agglom.fit(X1,y1)
# Create a figure of size 6 inches by 4 inches.
plt.figure(figsize=(6,4))

# These two lines of code are used to scale the data points down,
# Or else the data points will be scattered very far apart.

# Create a minimum and maximum range of X1.
x_min, x_max = np.min(X1, axis=0), np.max(X1, axis=0)

# Get the average distance for X1.
X1 = (X1 - x_min) / (x_max - x_min)

# This loop displays all of the datapoints.
for i in range(X1.shape[0]):
    # Replace the data points with their respective cluster value 
    # (ex. 0) and is color coded with a colormap (plt.cm.spectral)
    plt.text(X1[i, 0], X1[i, 1], str(y1[i]),
             color=plt.cm.nipy_spectral(agglom.labels_[i] / 10.),
             fontdict={'weight': 'bold', 'size': 9})

# Remove the x ticks, y ticks, x and y axis
plt.xticks([])
plt.yticks([])
#plt.axis('off')



# Display the plot of the original data before clustering
plt.scatter(X1[:, 0], X1[:, 1], marker='.')
# Display the plot
plt.show()
dist_matrix = distance_matrix(X1,X1) 
print(dist_matrix)

и получаю сообщение об ошибке: 

Z = hierarchy.linkage(dist_matrix, 'complete')

/ home / jupyterlab / conda / envs / python / lib /python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: ClusterWarning: scipy.cluster: Неотрицательная полая матрица симметрии c выглядит подозрительно как матрица неконденсированного расстояния "" "Точка входа для запуска I Python kernel.

Прежде всего, что это значит и как я могу это решить? Спасибо

...