Как ограничить аннотации лекарств определенным c разделом документа через IBM Watson Annotator for Clinical Data (ACD)

Question

Я использую API-интерфейс IBM Watson Annotator for Clinical Data (ACD), размещенный в IBM Cloud, для обнаружения упоминаний о лекарствах в кратких заметках о выписке c. Я использую стандартный лекарственный аннотатор, поставляемый с ACD. Я могу обнаружить и извлечь упоминания о лекарствах, но я ТОЛЬКО хочу, чтобы лекарства упоминались в разделах «РАЗБОРКА» и «ИНСТРУКЦИЯ ПО РАЗБОРКЕ». Есть ли способ, которым я могу ограничить ACD только возвращением упоминаний о лекарствах, которые появляются в этих двух разделах? Меня интересуют только лекарства для выписки. Например, с учетом следующего надуманного (не PHI) текста: «Пациенту ранее был назначен цисплатин. ЛЕКАРСТВЕННЫЕ СРЕДСТВА: 1. Аспирин 81 мг перорально один раз в день». Я получаю два упоминания о препарате: один над «цисплатином», а другой над «аспирином» - мне нужен только последний, так как он появляется в разделе «РАЗБОРНЫЕ ЛЕКАРСТВА».

Answer 1

Поскольку аннотатор лекарств ACD фиксирует заголовки разделов как часть аннотаций упоминаний, появляющихся в разделе, вы можете определить включающий фильтр, который проверяет (1) требуемый нормализованный заголовок раздела, а также (2) фильтр, который проверяет наличие полей заголовка раздела в целом, если упоминание появляется вне какого-либо раздела и не включает поля заголовка раздела как часть аннотации. Это отфильтровывает любые упоминания о лекарствах из ответа ACD, которые не отображаются в разделе «СБРОС ЛЕКАРСТВ». Я добавил пару других связанных нормализованных заголовков разделов, чтобы вы могли видеть, как это делается. Не стесняйтесь изменять приведенный ниже пример в соответствии с вашими потребностями.

Ниже приведен пример потока, который вы можете сохранить с помощью POST / потоки , а затем на вызове анализа указать как POST / analysis / {flow_id} - например, POST / analysis / dump_med_flow

{
    "id": "discharge_med_flow",
    "name": "Disharge Medications Flow",
    "description": "Detect medication mentions within DISCHARGE MEDICATIONS sections",
    "annotatorFlows": [
        {
            "flow": {
                "elements": [
                    {
                        "annotator": {
                            "name": "medication",
                            "configurations": [
                                {
                                    "filter": {
                                        "target": "unstructured.data.MedicationInd",
                                        "condition": {
                                            "type": "all",
                                            "conditions": [
                                                {
                                                    "type": "all",
                                                    "conditions": [
                                                        {
                                                            "type": "match",
                                                            "field": "sectionNormalizedName",
                                                            "values": [
                                                                "Discharge medication",
                                                                "Discharge instructions",
                                                                "Medications on discharge"
                                                            ],
                                                            "not": false,
                                                            "caseInsensitive": true,
                                                            "operator": "equals"
                                                        },
                                                        {
                                                            "type": "match",
                                                            "field": "sectionNormalizedName",
                                                            "operator": "fieldExists"
                                                        }
                                                    ]
                                                }
                                            ]
                                        }
                                    }
                                }
                            ]
                        }
                    }
                ],
                "async": false
            }
        }
    ]
}

См. IBM Watson Annotator для клинических данных документация по фильтрации для получения дополнительной информации.

Спасибо