Как уже указывалось, подпись сборки становится недействительной при инструментировании (или иной модификации) подписанной сборки.
Ирония заключается в том, что инструментарию не требуется проводить анализ профилирования / покрытия, поскольку в .NET есть API для этого. Однако по какой-то непонятной причине анализ покрытия Visual Studio и профилировщик не используют этот API ...
Сторонние продукты, такие как профилировщики dotTrace и ANTS, или инструменты анализа покрытия, такие как NCover, используют подход API и, следовательно, не нуждаются в вмешательстве в сами сборки.
В нашем текущем проекте именно эта проблема вынудила нас приобрести сторонние инструменты, поскольку разработка без подписи нашего очень сложного решения потребовала огромных усилий из-за большого количества размышлений и была исключена.