Было сложно обработать PDF-файл Base64, потому что это было впервые, но в итоге я смог разработать метод, с помощью которого вы можете добавить пароль в PDF-файл, который уже находится в base64.
public String EncriptarPDFconContraseña(String pdfBase64, String passwordUser, String passwordOwner) throws IOException, DocumentException {
PdfReader reader = new PdfReader(Base64.decode(pdfBase64));
ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream();
PdfStamper stamper = new PdfStamper(reader, baos);
stamper.setEncryption(passwordUser.getBytes(), passwordOwner.getBytes(), PdfWriter.ALLOW_PRINTING, PdfWriter.ENCRYPTION_AES_128);
stamper.close();
String base64 = Base64.encodeBytes(baos.toByteArray());
return base64;
}