Писать файлы в системный каталог очень плохо, если у вас есть альтернатива. (И если вам нужно, вы будете проверять переменные среды вместо жесткого кодирования.)
В лучшем случае никакая другая программа не установит библиотеку с таким именем, поэтому у вас будет немного больше мусор в вашей системной директории. Он не может быть удален при удалении программы, потому что он никогда не был зарегистрирован, и у вас нет возможности узнать, нуждается ли оно в каком-либо другом приложении.
В худшем случае две разные программы установят разные версии FOO.DLL и один из них сломается. Это ласково называют «DLL Hell», и решение было для всех, чтобы поместить свои DLL в каталог проекта. (Или иногда общие файлы продавца.)