Ну, кажется, что пустые строки не были действительно пустыми, скребок просто не печатал элементы, которые есть в DOM, поэтому я видел так много промежутков между очищенным текстом. Проблема была решена путем сообщения скребку указателей c дочерних элементов, которые я хотел очистить.