В APIM 3.0.0 уже есть похожая проблема. Пожалуйста, обратитесь к git выпуску здесь
Входящая веб-аутентификация SAML2 SSO не будет работать в APIM OOTB, поскольку соответствующая функция идентификации не доступна. Если вам нужно это использовать, вам нужно использовать WSO2 IS или WSO2 IS-KM.