Вам нужен способ проверить, были ли вызваны функции (и lo go загружен), поэтому вы можете использовать переменную для этого. После загрузки lo go переменная устанавливается в значение false, что предотвращает их загрузку более одного раза.
var downNotLoaded = true;
var upNotLoaded = true;
$(window).scroll(function() {
var scroll = $(window).scrollTop(),
headerHeight = $('.navbar').outerHeight();
if(scroll > headerHeight) {
if(downNotLoaded){
loadLogoAnimeDown();
downNotLoaded = false;
}
}else{
if(upNotLoaded){
loadLogoAnimeUp();
upNotLoaded = false;
}
}
});