Выполнение сценария python в записной книжке colab, ModuleNotFoundError

Question

Новичок в Colab, и я пытаюсь воспроизвести точную настройку предварительно обученной модели BERT в этом хранилище: https://github.com/ncbi-nlp/ncbi_bluebert

Я пытаюсь запустить run_bluebert_ner. скрипт py (из его каталога), использующий этот код:

!python run_bluebert_ner.py --do_prepare=true \
 --task_name='bc5cdr' \
 --do_train=true \
 --do_eval=true \
 --do_predict=true  \
 --vocab_file=/content/ncbi_bluebert/bluebert_model/vocab.txt \
 --bert_config_file=/content/ncbi_bluebert/bluebert_model/bert_config.json \
 --init_checkpoint=/content/ncbi_bluebert/bluebert_model/bert_model.ckpt.data-00000-of-00001 \
 --data_dir=/content/ncbi_bluebert/data/BC5CDR \
 --num_train_epochs=1.0 \
 --do_lower_case=False \
 --output_dir=output

, который выдает мне это сообщение об ошибке:

Traceback (most recent call last):
  File "run_bluebert_ner.py", line 19, in <module>
    from bluebert.conlleval import evaluate, report_notprint
ModuleNotFoundError: No module named 'bluebert'

Я могу импортировать и запускать вещи из bluebert в сам блокнот .

Добавление абсолютного пути к каталогу через sys.path.extend не помогает.

После поиска немного я попытался поочередно использовать:

%run run_bluebert_ner.py --do_prepare=true \
 --task_name='bc5cdr' \
 --do_train=true \
 --do_eval=true \
 --do_predict=true  \
 --vocab_file=/content/ncbi_bluebert/bluebert_model/vocab.txt \
 --bert_config_file=/content/ncbi_bluebert/bluebert_model/bert_config.json \
 --init_checkpoint=/content/ncbi_bluebert/bluebert_model/bert_model.ckpt.data-00000-of-00001 \
 --data_dir=/content/ncbi_bluebert/data/BC5CDR \
 --num_train_epochs=1.0 \
 --do_lower_case=False \
 --output_dir=output

Похоже, что это, по крайней мере, находит bluebert, но терпит неудачу с:

AttributeError: only_check_args

Удаление всех флагов с помощью FLAGS. delattr не помогает.

У кого-нибудь есть предложения?