Вам нужно будет предоставить свой собственный механизм для загрузки файла конфигурации в область документов приложения; поскольку пакеты приложений эффективно запечатываются в процессе подписи кода, нет способа изменить пакет постфактум. Поскольку у вас нет интерфейса с iTunes, вам нужно предоставить собственный механизм - вы можете выбрать что-то вроде OmniFocus , который использует Bonjour для обнаружения компьютера, с которого он получает настройки синхронизации.
Глядя на это по-другому; зачем вообще использовать файл конфигурации? В других приложениях для iPhone используется набор настроек и стандартные настройки приложения , рекомендованные Apple , почему что-то другое? Всегда есть вероятность, что вы запутаете пользователя.