Вы можете разбить всю коллекцию на первый, второй и третий элементы:
const [el1, el2, el3] = document.getElementsByClassName("menu__item--link");
Но было бы больше DRY, чтобы вместо этого использовать al oop. Сохраните одну из коллекций в переменной, затем переберите другую коллекцию и проверьте индекс, чтобы получить связанный элемент:
const links = document.getElementsByClassName("menu__item--link")
document.querySelectorAll(".menu__item--border").forEach((border, i) => {
border.style.height = 'calc(' + links[i].offsetHeight + "px" +' + 6px)'
border.style.marginTop = 'calc( -'+ links[i].offsetHeight + "px" +' - 15px)';
});
Если у вас более 3 элементов и вам нужно работать только с первым 3, затем нарежьте коллекцию сначала:
[...document.querySelectorAll(".menu__item--border")]
.slice(0, 3)
.forEach((border, i) => {