Используйте построитель запросов так:
DB::table('time_table_rup AS t')
->join('gruppa AS g', 't.group_id', '=', 'g.gruppa_id')
->join('discipline AS d', 't.discipline_id', '=', 'd.discipline_id')
->where('sikl', 5)
->where(DB::raw('t.semestr % 2'),1)
->get()